Através de uma escritura pública de 19 de abril de 1870, lavrada no Tabelião Antonio Cezar, de Botucatu, o alferes Manuel Gomes de Faria e Dona Delfina Carolina Gomes, Antonio Joaquim Mendes e Dona sinhorinha Rosa da Conceição, fizeram a doação dos primeiros 13 alqueires de terra no local denominado Água Clara, para o patrimônio da Capela de São Manuel.
A doação se fez com a condição de que os bens reverteriam aos doadores, caso não se realizasse a intenção dos mesmos. Gomes de Faria doou também, na ocasião, um paramento, um altar, a imagem de São Manuel e pia batismal.
Nem a mulher de Gomes de Faria, nem os segundos doadores, sabiam escrever, por isso a assinatura foi feita a rogo.

Em 2 de fevereiro de 1871, aquele terreno permutado por outro, onde de edificou a cidade. Foram permutantes, de um lado, Manuel José Pereira Pires e sua mulher Francisca Maria de Paula.
A permuta foi autorizada pelo juiz, Dr. Amaral Gurgel, após ouvir o promotor de Resíuos e Capelas, Dr. Bernardo Augusto Rodrigues Silva.

Associando-se a Manuel Gomes de Faria e a Antonio Joaquim Mendes, Manuel Vieira Paraíso doou mais uma área adjacente ao patrimônio e pela coincidência do primeiro ser possuidor das terras da Água Clara do Paraíso, e este último chamar-se também Manuel, resolveram dar ao local a denominação de São Manuel do Paraíso.

O lugar onde está edificada a cidade era conhecido como Bairro do Paraíso, ou Tavares. A lei nº 51 de 7 de abril de 1880, nove anos depois da fundação do povoado, elevou-o a Freguesia. A capela de São Benedito foi edificada em 1874, sendo benta em outubro daquele ano e, mais tarde, sendo reedificada . Quem a benzeu foi o padre João José Lopes Pinheiro, que era vigário de Botucatu.

O povoamento do atual território de São manuel deu-se antes de 1850, e suas terras eram, em geral, provenientes de posses registradas de acordo com aquela lei, havendo também algumas sesmarias.

A data da fundação é próxima daquela em que ocorreu a primeira doação de terras, ou seja, 17 de junho de 1870, quando se comemora o dia de São Manuel, santo padroeiro da cidade.